وَرَدَ أول ذكر لاسم الموقع في مصادر صينية عائدة إلى القرن السابع الميلادي، غير أن دراسة النقوش القديمة تكشف أن الاسم المحلي للمدينة وهو فيهارا Vihara أي الدير أو الصومعة، قد ضُرب على مسكوكاتها قبل القرن السابع الميلادي بقرون. وكذلك لا يستبعد أن تكون كلمة «بخارى» محرّفة عن الكلمة السنسكريتية «فيهارا»، وهي البلدة التي اندمجت في بخارى وورد ذكرها عند جغرافيي القرن الرابع الهجري/ العاشر الميلادي. أطلقت المصادر العربية اسم بخار خداة Bakhãr Khudat أو بخارا خداه Bukhãra Khudãh على سكان بخارى الأصليين. وقد ضنت المصادر القديمة بإيراد معلومات عن تاريخ بخارى قبل الإسلام. على أن تاريخ هذه المدينة الزاخر الغني بالأحداث الجسام يبدأ بعد الفتح الإسلامي لها.