يتشكّل نهر النيل في الخرطوم عاصمة السودان على بعد 2.988 من البحر من خلال تقاطع النهرين الرئيسيين، وهما:
النيل الأبيض: ينبع النيل الأبيض من بحيرة فكتوريا الواقعة في منطقة الأمطار الثقيلة على مدار السنة، ويتمتّع بتدفّق مستمر نظراً لطبيعة الأمطار في المنطقة، بالإضافة إلى التنظيم الذي تنتقل فيه المياه عبر بحيرات فكتوريا، وبحيرة ألبرت ومستنقعات السُّد، ويبلغ طوله 3.700 كم. النيل الأزرق: ينبع النيل الأزرق الذي يساهم بأكثر من نصف مياه النيل من بحيرة تانا شمال غرب إثيوبيا التي تتمتع بأمطار صيفية ثقيلة، كما وأنها مصدر مياه الفيضانات التي تصل مصر في شهر أيول، وتحمل هذه الفيضانات الطمي خلال مياه النهر، وهي السبب في تجديد خصوبة التربة في مصر، ويبلغ طوله 1.610 كم، ويُشار إلى أنّ نهري عطبرة وسوبات يساهمان في تغذية النيل.