ولد في مكة المكرمة يوم الجمعة الخامس عشر من ذي الحجة عام 1365 هجري اي بالميلادي تسعه نوفمبر 1946 للميلاد. والده هو الشيخ عبد الله بن سليمان المسعري أحد كبار علماء الدين في نجد الذين درسوا على يد الإمام محمد بن إبراهيم آل شيخ المفتي السابق، عمل مرشداً للحجاج بمكة وقاضياً في الباحة ثم وكيلاً لرئيس ديوان المظالم سابقا. ووالدته هي ابنة إمام الحرمين محمد عبد الرزاق حمزة الذي تسلم فترة من الزمن إمامة وخطابة الحرم النبوي الشريف والحرم المكي. نشأ محمد المسعري في أول حياته في الحجاز بمكة المكرمة، تعلم العلوم الشرعية على يد عددٍ من العلماء ، رافق والده الذي ابتعث لدراسة أصول الدين والفقه الإسلامي في مصر فدرس أول المرحلة الابتدائية هناك ثم عاد إلى المملكة بعد انقضاء بعثة والده التي استغرقت أربع سنوات فأكمل الابتدائية بعد عودته. أكمل دراسته المتوسطة والثانوية في معهد العاصمة النموذجي بالرياض وكان متميزاً، اُبتعث عام 1963 لألمانيا للدراسة الجامعية ، درس الفيزياء بجامعة فرانك فورت وأكمل دراساته العليا بنفس الجامعة وحصل على الدكتوراة في الفيزياء النووية. عاد إلى الرياض ليعمل أستاذاً جامعياً في الفيزياء يجامعة الملك سعود، تدرج في السلك الأكاديمي حتى حصل على مرتبة بروفيسور عام 1988 فكان من أوائل من حصل على هذه المرتبة العلمية في المملكة، في عام 1984 اٌنتدب رئيساً للمكتب التعليمي في دنفر بولاية كولورادو بالولايات المتحدة الأمريكية إلى أن ترك المكتب بعد خلاف مع السفير بندر بن سلطان فقرر العودة إلى موقعه للتدريس في الجامعة، تولى رئاسة قسم الفيزياء ثم وكيلاً لعمادة الدراسات العليا وكانت له إنجازات كبيرة في القسم