تبدأ عملية هضم البروتينات في المعدة تحت تأثير الأنزيمات الهاضمة مثل حامض الهيدروكلوريك الذي يفرز من جدار المعدة وله وظائف عديدة أهمها: تليين المواد البروتينية لتسهيل عملية هضمها. يساعد في عمل الأنزيمات الهاضمة ويحولها إلى الحالة النشطة لتبدأ عملية الهضم. تعديل وسط الهضم إلى الحامضي ليناسب عمل أنزيمات المعدة. تعقيم المعدة عن طريق قتل البكتيريا التي تدخل إلى المعدة مع الطعام. القضاء على الجراثيم التي تنتج الغازات وتسبب الروائح الكريهة في الفم نتيجة لعملية التخمر.