1 - مشكلة الخدوش : يتعرض أيفون 5 للخدش بسهولة خصوصاً اللون الاسود منه , رغم كل ما قيل عن جودة المواد المصنوع منها ,,, و قوة الألمونيوم و خلافه , إلا أنها مشكلة حقيقية عانى منها عدد من مستخدمى الهاتف .
2 - مشكلة ارتفاع درجة حرارة الهاتف عند استخدامه لتشغيل الفيديو أو الموسيقى لفترة .
3 - قصر عمر البطارية , حيث يقول بعض المستخدمين انها لا تستمر اكثر من 8 ساعات مع استخدامهم العادى , و الحقيقة ان بطارية الأيفون 5 فعلاً لا تناسب امكاناته حيث لا تكفى بطارية بقوة 1440 م.أ لهذا الكم من الهاردوير المتطور .
4. شريحة من نوع \"نانو \"
هذه الشريحة تسبب بعض المشاكل لمستخدمى iPhone 5 و منها مشكلة عدم القدرة على إجراء اتصال من الهاتف بدون سبب رغم غإمكانية الرد على المكالمات الواردة , و يمكن حلها عن طريق فتح و إغلاق 3G أكثر من مرة لكنها تعود مرة أخرى .
5 - مشكلة تسرب الضوء : هذه مشكلة خاصة فى اللون الأبيض و هى غير مؤثرة بشكل كبير و ليست لها علاقة بالأداء , حيث لاحظ مالكو هواتف أيفون 5 البيضاء خروج شعاع ضوئى من اعلى الهاتف كما بالصورة
6 - مشكلة ظهور الضوء باللون البنفسجى فى الصور الملتقطة بالكاميرا , و المفروض أن Apple وعدت بحلها .
7 - مشكلة خرائط Apple و عدم دقتها و عدم مطابقتها للواقع , و كونها رديئة مقارنةً بخرائط جوجل .
8 - مشكلة تذبذب الشاشة عند فتح لوحة المفاتيح فى بعض البرامج مثل Appstore .
9 - الكاميرا لم يتم تطويرها عن iPhone 4S سوى بإضافة التصوير البانورامى ,,, و توجد مشكلة عدم وجود زوم ضوئى .