على حسب ما كتب في كتاب إنجيل يهوذا
ولكن، لماذا ترفض الكنائس في مصر والعالم هذا الإنجيل، بل لماذا ترفض أساسًا نسبته إلى يهوذا؟ القصة المعترف بها لدى جميع الكنائس أن يهوذا الإسخريوطي شنق نفسه بفرع شجرة تين بعد وقت ضئيل من خيانته للمسيح، تكفيرًا عن ذنبه وشعوره بالخيانة. لكن هذا الإنجيل الذي عثر عليه بالمنيا يظهر يهوذا بصورة مغايرة، فيصفه بالتلميذ المفضل للمسيح، ويضع خيانته في خانة استكمال " المهمة السماوية " التي تقود إلى موت المسيح على الصليب إنقاذًا للبشرية، وهذا يؤسس لوجود أهم المبادئ في المسيحية وهو " سر القيامة "، ما يتطابق مع نظرة المذهب " الغنوسي " الذي يعود إلى القرن الثاني الميلادي، والذي عدته الكنيسة في حينه خصمها الأول، والغنوسية تعتبر يهوذا ـ (الخائن) أكثر حواريي المسيح استنارة، لأنه تصرف بطريقة خلصت البشرية من ذنوبها من خلال صلب المسيح وقيامته، وهكذا تمحو من يهوذا أية شبهة للخيانة!
الكنيسة الأرثوذكسية المصرية تطعن بالتزوير على هذا المخطوط، نافية أنه ليهوذا الإسخريوطي. فيهوذا ليس لديه وقت ليكتب شيئًا.. أما د. زاهي حواس أمين عام المجلس الأعلى للآثار المصرية فيقول : ليس للمجلس شأن بالجدل الديني حول هذا المخطوط، ومن البداية رفضنا أن نسميه بإنجيل يهوذا فهو مسمى صحافي أكثر من كونه مسمى علميًا. أيضًا المجلس يضم خبراء وعلماء ومفتشين في علوم الآثار لا رجال دين. ونحن نسترد هذا المخطوط ليس لأننا نؤمن بما كتب فيه وإنما لأن عمره بلغ أكثر من 1700 سنة، أي أنه مخطوط أثرى ومكتشف في أرضنا، واسترداده يأتي كجزء من سياق استردادنا لآثارنا المسروقة المهربة إلى الخارج، والتي قمنا باسترداد عدد منها في السنين الأخيرة!