يعتقد البعض أن اسم تونس يعود إلى الحقبة الفينيقية إذ عادةً ما تسمى المدينة بآلهتها الرئيسية وفي حالة تونس فهي تانيت.
ورجحت بعض المدارس العربية أصل الكلمة إلى جذور عربية من خلال المدينة القديمة ترشيش. كما رجح البعض الآخر أصل الكلمة إلى كلمة تينس التي وصفها ديودورس وبوليبيوس والتي يبدو وصفها قريباً من منطقة القصبة بضواحي تونس حالياً.
أشار المؤرّخ عبد الرحمن بن خلدون أيضاً إلى أصل كلمة "تونس" التي أطلقت على حاضرة شمال أفريقيّة حيث أرجع اصلها إلى ما عرف عن المدينة من ازدهار عمراني وحيوية اقتصادية وحركة ثقافية واجتماعية، فقد أشار إلى أنّ اسم "تونس" اشتقّ من وصف سكانها والوافدين عليها لما عرفوا به من طيب المعاشرة وكرم الضيافة وحسن الوفادة.
كما يوجد تفسير آخر يقول أن الكلمة من جذع فعل أنس الأمازيغي والذي يعني قضاء الليلة. مع تغير المعنى في الزمن والمكان، ربما تكون كلمة تونس قد أخذت معنى مخيم ليلي، أو مخيم، أو مكان للتوقف.